2月6日，院伦理委员会首次对申报的科研项目进行伦理审查。 2月12日-13日，中国国家主席胡锦涛对西非国家马里进行国事访问，期间看望并慰问了浙江省第二十批援马医疗队全体成员，余波、马剑锋受到接见。 3月19日－9月17日，开展深入学习实践科学发展观活动。 3月22日，七届二次职工、工会代表大会隆重开幕。 3月26日，第六批援川医疗队凯旋。 4月24日，“附二医骨科医院”、“附二医妇产医院”的揭牌仪式隆重举行，为我院迈向医院集团化奠定了坚定的基础。 4月，小儿心胸外科完成省内首例先天性双主动脉弓切除术。 4月，生殖医学中心首例未成熟卵子体外培养（IVM）试管婴儿获得成功。 5月7日-10日，成功承办第五届全国儿科麻醉学术会议暨首届中美儿科麻醉学术交流会。 5月27日，温州市红十字会向我院颁发“浙江省红十字会系统抗震救灾特别奉献奖”。 6月13日，举行首届“医患沟通大赛”。 6月22日上午，李昌崇副院长做客人民网“儿童疾病——名医大讲堂”，就“儿童上呼吸道感染防治”进行访谈。 6月30日，表彰首届职业道德标兵及提名奖获得者。 8月3日，儿童医院日门急诊量创历史性新高，突破4400人次。 8月10日，2006级首届专科医师培训顺利结业。 9月6日，在2009年中华麻醉学年会上，连庆泉教授当选新一届全国委员会常务委员。 9月29日，附二院地下过街通道向市民开放，通道配备4台自动扶梯、4台垂直升降电梯和2座步行楼梯。 9月29日，脊柱外科临床研究中心成立。 10月，在第12届世界超声联合大会会议上，超声科黄品同主任首创两项B超检查术。 10月12-19日，感染管理科科长董琳、检验科主任李向阳受委派参加卫生部全国“医疗质量万里行”督导检查。 11月，与医学院合作建立创建肿瘤组织标本库。 11月3日-11日，第二期“幸福微笑”公益医疗救助活动在我院实施，共为153名唇腭裂患儿实施手术。 11月9日，与温州市慈善总会联合启动“爱心温州.慈善助医救助项目”。 11月13日-14日，在温州医学院第36届运动会上荣获教工组团体冠军。 12月，国内首例体外辅助受精激活试管婴儿在我院获得成功。 12月2日，新生儿科成功救治胎龄24周+5天超早早产儿。 12月5日，小儿消化科青年文明号获“温州市青年文明号创建十五周年突出贡献奖先进集体”。 12月5日，我市首例单孔腹腔镜胆囊切除术在我院微创外科成功实施。 12月23日，与贵州省黔西县中心医院签订3年对口支援工作协议。