2014年正式成立的儿童内分泌代谢学科是浙南地区最早成立的内分泌专科，是温州医科大学附属第二医院院内重点扶植学科。现为浙南闽北地区儿童内分泌遗传代谢病诊治中心，是温州市医学会儿科分会内分泌遗传代谢学组组长单位，浙江省儿童生长发育专科联盟成员单位。下设有儿童内分泌亚专科。诊治范围几乎涵盖所有内分泌疾病，同时借由最新的基因诊断技术，在大量遗传代谢病诊疗随访上取得了较丰富的经验。

儿童内分泌遗传代谢科现有医护人员20余人，其中医师14人：教授/主任医师1人、副教授/副主任医师3人，主治医师5人，住院医师5人，硕士生导师1名。现有专科床位27张，每年住院人次3000余人次，年门诊量达76000人次。月收治专科疾病患儿200余例次。

本科常规开展各类儿童内分泌疾病的诊治，如性早熟、矮小症、儿童糖尿病、肥胖症、甲状腺疾病、甲状旁腺疾病，肾上腺疾病、垂体功能异常等。并获得了广泛的好评与支持。

同时本专科开展儿童糖尿病的规范诊疗，包括专业医师和护士的治疗，糖尿病家长教育培训，营养师营养指导。并长期与美国匹兹堡儿童医院肖向炜教授团队在糖尿病相关领域展开合作。在糖尿病酮症酸中毒中率先引用了国际先进的诊疗理念，建立规范化诊疗流程，大幅缩短了糖尿病患儿的住院时长。

同年开展的先天性甲减儿童的神经运动发育评估为早期发现先天性甲减患儿的异常表现并提供干预提供了条件。使甲减患儿的综合治疗效果大幅提高。

2014年以来，建立并开展了儿童遗传代谢病的诊治工作，目前已诊治了数十种罕见的遗传代谢疾病，涉及糖代谢异常，尿素氮循环障碍，有机酸酸血症，电解质紊乱等多方面，以及包括成骨不全、小胖.威利等在内的多种罕见病，并积累了大量临床诊治经验。