新生儿外科成立于2015年,涵盖了新生儿腹部外科、新生儿神经外科、新生儿心胸外科等专业，随着新生儿手术技术、围手术期管理、麻醉水平的提高，许多严重的畸形得以有效救治，目前已发展为浙南地区最大的新生儿外科治疗中心，学科规模及临床、科研水平居全省前列，在医、教、研各方面都具有重要影响力，是省内新生儿外科的一支重要生力军。科室现有医生6名，其中教授/主任医师2名，副主任医师3名，主治医师1名，其中博士4名，硕士2名。

得益于我院实力雄厚的新生儿重症监护室(NICU)，新生儿外科实力处于省内领先水平，在新生儿尤其是早产儿各种消化道畸形和NEC的救治上居于省内领先水平。与医院产科联合开展畸形胎儿MDT门诊，开展了产房外科、产时外科手术及胎儿介入手术等，救治各类先天畸形患儿，手术效果良好。并与消化科、新生儿科联合早期诊治胆道闭锁，患儿术后退黄率和自肝生存率高，并注重胆道闭锁术后的长期随访。NEC的救治率达88%，巨大的腹裂、脐膨出应用Silo袋后，一期修补成功率高；肠闭锁肠吻合术后胃肠营养管置入术，使复杂型肠闭锁治疗成功率达90%；目前新生儿结构畸形救治成功率据省内领先水平。

科室致力于肠黏膜屏障发育与肠道疾病等方面的基础研究。近几年，承担省自然科学基金3项，省科技厅公益性项目1项，厅局级课题4项，发表论文10余篇。开展3项院内新技术新项目，获院医疗新技术二等奖2项。